穹顶关押的是科技类反派，包括九头蛇和AIM这两个组织的成员和漫画中钢铁侠的许多使用科学开发装备的对手；
立方关押辐射变异的反派，片中参孙博士也说这里是伽马射线的重要研究地，其他U-Foes是宇宙射线导致变异，辐射人是核能变异，这里的反派大多是漫画中浩克的敌人；
豪宅的罪犯比较复杂，有佐拉和狮鹫这种人体改造的产物，也有红幽灵这样宇宙射线辐射的产物。旋风似乎是他们关押的第一个变种人，但比他早的山魈在漫画里也是变种人，只能认为动画改了一些设定。另外这些反派的漫画中对手比较不固定；
孤岛应该专门关押危险级别特别高的罪犯，以致于监狱的存在都显得特别隐秘。万力王不用多说，Zemo男爵是纳粹的重要余孽，他们在漫画中都作为中国复仇者的敌人出现。
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